守护组织架构搭建和合作洽谈取得初步成果后，林寒意识到内部整顿势在必行。他召集各部门负责人，召开了一场严肃的内部会议。在会议上，林寒强调了组织纪律和团队凝聚力的重要性。他指出，守护组织的每一位成员都肩负着守护世界和平的重任，任何个人的散漫行为都可能影响到整个组织的运作。
战斗部门首先展开了纪律整顿。他们制定了严格的出勤制度和训练规范，对于无故缺勤和训练不认真的队员进行批评教育和相应的惩罚。同时，加强了团队内部的沟通和协作训练，通过模拟实战场景，提高队员之间的默契程度。
情报部门也对信息收集和传递流程进行了优化。他们建立了一套更为高效的信息筛选和分析机制，确保每一条有价值的情报都能及时准确地传递到相关部门。此外，还加强了对情报人员的保密教育，防止情报泄露。
后勤部门则着重对物资管理进行了整顿。他们对库存物资进行了全面盘点，建立了详细的物资档案，并制定了科学的物资采购和分配计划。在应急处理方面，组织了多次模拟演练，提高后勤人员在紧急情况下的应变能力。
与神秘门派达成初步合作意向后，双方开始就合作细节进行深入探讨。林寒再次带领守护组织的核心团队前往神秘门派，与门派高层进行了新一轮的会谈。
在指挥权问题上，双方经过激烈的讨论，最终达成了共识。决定在面对大规模邪恶势力侵袭时，成立联合指挥中心，由守护组织和神秘门派各派代表共同组成，根据双方成员的特长和战斗任务进行统一指挥和调配。在日常训练和小规模行动中，各部门保持相对独立的指挥体系，但要及时向联合指挥中心汇报情况。
资源分配方面，双方同意建立一个资源共享平台。守护组织将提供部分先进的情报收集技术和物资储备，神秘门派则分享他们独特的功法和修炼心得。同时，根据各合作方在战斗中的贡献大小，对获取的战利品和资源进行合理分配。